Biologiske pesticider er aktivstoffer, som stammer fra naturen; enten naturligt forekommende eller som syntetiserede stoffer, hvor det forudsættes, at de er strukturelt tilsvarende og funktionelt identiske med de naturligt forekommende kemiske stoffer.  Aktivstofferne er defineret i forordning (EF) nr. 1107/2009, gældende for alle EU-medlemslande. 

Biologiske pesticider er ikke noget nyt fænomen, og man har kendt til anvendelsen af disse stoffer siden det 17. århundrede, hvor man anvendte planteekstrakter baseret på nikotin til skadedyrsbekæmpelse.

Biologiske pesticider anvendes for at sikre afgrødernes udbyttepotentiale, og kan med fordel anvendes i kombination med konventionelle pesticider – bl.a. ved behov for bekæmpelse tæt på høst, hvor niveauet af pesticidrester i afgrøder hermed kan reduceres. Man skal dog være opmærksom, da nogle biologiske produkter kan have maksimalgrænseværdier, som skal overholdes.

De biologiske produkter kan både have en direkte pesticideffekt eller en afledt pesticideffekt ved fx at styrke afgrødernes eget immunforsvar. Der findes mange former for biologisk plantebeskyttelse og virkningsmekanismerne er ikke altid færdigbeskrevet. Der arbejdes dog på udvikling indenfor anvendelse af bakterier, patogene svampe, virus, planteekstrakter, feromoner, peptider og meget andet. Derudover er der en række nye teknologier under udvikling.

Yderligere information om grænseværdier i fødevarer.